菊池被告は27日午後、拘留先の東京拘置所から釈放されました。
大島裁判長は一審と同様、菊池被告が爆薬の原料になる薬品を児とに運ぶなどしたことは認めましたが、「支持された通りのワーク（仕事）を実行する立場に過ぎなかった」と指摘。テロ計画を知らされていた証拠はなく、認識していたと推認できる事実もないと述べました。
一審判決では、運搬した薬品が毒劇物に指定されていたことなどを理由に、菊池被告は人を殺傷する事件に使われるとの認識があったと認定しましたが、大島裁判長は「毒ガスや爆発物の製造を想起するのは困難」と否定。「爆薬を見せ、ねぎらいの言葉をかけた」などと述べた井上嘉浩死刑囚（45）の証言についても「不自然に詳細で具体的だ」と信用性を否定しました。そのうえで一審判決について、「根拠の不十分な推認を重ねたもので、経験則・論理則に照らし合わせれば、殺人未遂ほう助の意思を認めるには合理的な疑いが残る」と結論付けました。
判決によると、菊池被告は1995年4月、3回にわたり薬品を山梨県内の教団施設から持ち出し、都内のアジトまで運搬。元幹部の井上・中川智正（53）両死刑囚らは5月、爆発物を製造して都庁に郵送し、元都職員の内海正彰さん（64）に大けがを負わせたとされています。
都庁事件では爆発物取締罰則違反ほう助の罪にも問われましたが、一審は欠は薬品から爆薬の製造を予測することはできたとは考えられないとして、同罪の適用はされませんでした。
このニュースを聞いたときは意外な感じがしました。あれほど警察が血眼になって行方を操作していた人物に対して、なぜ無罪判決が出たのか？それが私の正直な気持ちです。
私も高校時代に毒物劇物取り扱い試験を受けて、その合格証書をもらったので毒劇物の取り扱いに関しては多少の知識があります。いくら爆発物の製造を知らされていなかったとしても、運搬する薬品を見れば、どんな目的で自分が運搬している薬品が使われるのかは、想像ができたのではないかと思います。恐らくその思いは、裁判員裁判に関わったすべての人が思ったことなのではないでしょうか？知らなかったから無罪判決というのはあまりにも短絡過ぎませんか？あれだけ日本中が大騒ぎをして、警察の威信をかけて探して逮捕したのに、無罪判決とは、あまりにもおかしすぎます。第一無罪だと主張するのであれば、17年間にわたって、なぜ逃げ続ける必要があったのでしょうか。自分は無罪だというのであれば、はじめから警察に出頭して、無罪だという証拠を示して、正々堂々と裁判を受ければよかったんです。疚しいところがあったから17年間もの間日本全国を逃げ回ってたわけでしょう？今回の判決には、私は大きな疑問を感じます。
