九州新幹線のうち、長崎ルートは新鳥栖までを九州新幹線の線路を走り、新鳥栖からは長崎本線・佐世保線経由で武雄温泉に出た後、武雄温泉から先はフル規格での建設で、当初はフリーゲージトレインの導入が決定していましたが、車軸の摩耗など、相次ぐ不具合から、導入をあきらめる決定がなされました。
2022年まではリレー方式による運行が予定されていますが、武雄温泉での乗り換えという形で営業を続けるのか、それとも全線フル規格に切り替えるのかということが問題となっています。
フリーゲージトレインを導入した場合、車両が重たくなるため、最高時速が270キロに制限され、300キロでの運転が行われている山陽新幹線への乗り入れが難しい点と、車両構造が複雑になるため、メンテナンスに難点があるなど、問題が指摘されています。
また、全線フル規格での開業を目指すとなると、建設費用が重くのしかかる点が問題となっています。